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錬金術とは物質に耳を傾け、その声を聞き、その願いを叶え、形作ること。本作では、ソフィーが錬金術の力を使い、記憶の大半が失われたプラフタのためにその記憶を取り戻していくことが目的となります。錬金術を駆使し、新たなレシピをプラフタに書き込むことで次第に紐解かれる錬金術の記憶とプラフタの記憶。やがてプラフタが、かつて人だったことが分かると、ソフィーに大きな目標ができるのでした。それは「プラフタを人の姿に戻す」ということ。駆け出し錬金術士ソフィーの物語がはじまります。
■発想からはじまる錬金術

知識の集積とも言える錬金術。本作ではプラフタの記憶を取り戻すため、レシピを発想して錬金術の知識を深めていきます。モンスターとの戦いや、アイテムの調合などのソフィーのすべての行動が、レシピを発想するための糧になるのです。本作では、行動を通じて得た「知識・閃き・経験」がレシピの発想のための要素になります。
■錬金術を使いこなす
発想したレシピをもとに調合を行い、生み出したアイテムでバトルに挑み、さらなる錬金術の根幹へと迫っていきます。
●物質の声を聞く

錬金術の不思議な力で、投入した材料の形が分かるようになった調合。より感覚的に、楽しみながらアイテムを生み出すことができます
●組み合わせが決め手

材料の形はじつにさまざま。錬金釜の中に材料を入れる際は、パズルのようにうまく形を組み合わせると、よい効果やボーナスを得ることもできます。
●生み出したアイテムを使う

調合で生み出したアイテムを使い、モンスターたちに挑みます。アイテムは錬金術士以外も使えますが、生み出せるのはソフィーただひとりです。もちろん新たなレシピを発想するきっかけにもなります。
■錬金術の集大成:ドールメイク

ソフィーと錬金術の力によって本から人の姿となったプラフタ。さらに彼女は“ドールメイク”と呼ばれる力によってさまざまな姿になります。ドールメイクとは、錬金術で生み出した材料をプラフタの体に組み込んでカスタマイズする、錬金術の集大成とも言えるべき力。錬金術を深く知るほど、ドールメイクのカスタマイズの数も増えていきます。
■ソフィーの住む、時間とともに変わりゆく世界


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ソフィーたちが過ごすこの世界では、朝が来れば生き物が活動をはじめ、日が落ちれば暗くなり、生き物も姿を消します。『ソフィーのアトリエ』ではそんな生きている世界を、時間の変化と共に感じることができます。

材料の中には、朝や夜など決まった時間にしか採れないものもあります。また、いつもと違う時間に外出すると、普段会わない人と出会ったり、街のお店に変化が見られたりすることも……。ちなみに夜はモンスターが活動的になり、日中より強いモンスターに遭遇することもあります。また調合している間も時間は進んでいくので、ご注意ください。