2000年に発表された『A列車で行こう6』は、プレイステーション2専用となりました。ビジュアル機能が自慢のプレイステーション2のおかげで、グラフィックが向上し、車両のサイズ、デザインがリアルに反映されました。直接建設できる子会社はなくなり、駅周辺の土地を区画ごとに誘致するというスタイルになりました。バスもトラックもヘリもなくなり、鉄道会社の経営に専念するゲームとなりました。そのマイナーバージョンアップ版が2001年の『A列車で行こう2001』でした。『A列車で行こう2001』をWindows版に移植したタイトルが『A列車で行こう The 21st Century』です。PC版としては『A列車で行こう The 21st Century』が事実上の『A列車で行こう6』にあたる作品です。鉄道車両がリアルに描かれているため、鉄道ファンには本作を至上とする人も多いようです。
2006年には、『A列車で行こう7』がXbox360に移植されて『A列車で行こうHX』として発売されました。グラフィックはフル3Dになり、列車の視点で街を眺めるモードも復活しました。しかし『A列車で行こう The 21st Century』と異なり、車両は前後を圧縮するかのようにデフォルメされていました。「7」でもかなり縮んだ車体でしたが、「HX」はさらに縮んでマッチ箱のようでした。はじめから使える車両は10種類のみ。実在の車両モデルはダウンロード販売を利用して入手する必要があります。建物も7を3D版にしたものですが、「ランドマーク」には世界の著名な建築が追加されています。一方、ダイヤ設定やコンストラクションは「7」よりも簡略化されています。
