「Fate/stay night（CD版、DVD版）」「Fate/hollow ataraxia」「魔法使いの夜」「Fate/stay night + hollow ataraxia（セット版）」には、OSコマンドインジェクションの脆弱性（CVE-2015-5672）が存在する。この脆弱性が悪用されると、細工されたセーブデータを読み込むことで、任意のOSコマンドを実行される可能性がある。JVNでは、信頼のおけない提供元から提供されたセーブデータを読み込まないことで、本脆弱性の影響を回避することが可能としている。
