現在の任天堂の開発組織体制は、「ハードウェア開発本部」「情報開発本部」「企画開発本部」「システム開発本部」の4本部に加えて、新事業である「QOL事業開発部」と、大きく5つに分かれています。それぞれの役割分担は以下のようになっています。
■ハードウェア開発本部
担当：竹田玄洋
以前は携帯ゲーム機とホームコンソールゲーム機で開発チームが分かれていましたが、近年はそれぞれの技術が近づいており、2年前から一体化に取り組んでいます。時間をかけた融合に岩田社長は「手応えがある」としています。
■情報開発本部（ソフトウェア開発）
担当：宮本茂
主に内作ソフトの開発を行っています。
■企画開発本部（ソフトウェア開発）
担当：高橋伸也
主にセカンドパーティーと一緒に開発を行っています。2004年に、宮本茂氏に内作に集中してもらおうという意図から立ち上げられました。2つのソフトウェア開発本部の連携をいかにスムーズにするかといった部分取り組み、これについても、岩田社長は「かなり進んできた」としています。
■システム開発本部
担当：岩田聡
ネットワークや本体のシステムソフト、OS、SDK（ソフト開発キット）、ライブラリーなど、ソフトウェア開発の土台をつくる部分を担当しています。唯一のプログラマー出身の取締役であることから、現在は岩田社長自らが担当しているそうです。
■QOL事業開発部
担当：岩田聡
新しい事業、新しいビジネルモデルが必要となる「QOL（Quality of Life）」プロジェクトのために作られた独立した恒常的なプロジェクトチームです。上記4本部から人が集まり、それらの本部とは別に岩田社長にダイレクトにレポートする形で進められています。
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質疑応答の中で岩田社長は、本部ごとに価値観が違ったり、目指しているものが違ったりすると、行動がチグハグになって、典型的な“大企業病”になってしまうので「これらの本部がいかにうまくかみ合って連携するか」が一番重要であるとコメント。また、すべての開発部門を1つの建物に集約するために昨年建造された「本社開発棟」により、これまでに比べて各本部をまたいだプロジェクトを柔軟に運用できるようになり、「投資に見合った非常に大きな改善をすることができた」とコメントし、手応えを感じているとしています。
各本部ごとに担当が分かれていても、ユーザーから見ればひとつの任天堂。「部門を横断し、部門を越えて人が集まって、お客様に満足いただける体験をつくる」「事情の違ういろいろな立場や役割の人がいかに1つの共通の目標を持って動くかということが大事になってくる」とコメントし、「amiibo」の成り立ちや、進行中のスマートデバイスへの取り組みもこのような中から形作られていったと説明。各本部同士の連携の重要性を強調しました。
引用元：2015年2月17日（火）第3四半期決算説明会 質疑応答
http://www.nintendo.co.jp/ir/library/events/150217qa/index.html
