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これまでは「機動戦士ガンダム」「機動戦士ガンダム第08MS小隊」「機動戦士ガンダム0083 STARDUST MEMORY」「機動戦士Zガンダム」といった作品のシナリオが実装されていましたが、9月下旬から「機動戦士ガンダムZZ」編が開始。その後「逆襲のシャア」編がスタートします。
今回の新シナリオ追加により、従来の「一年戦争」から「グリプス戦役」までの繰り返しから、それ以降の「第一次ネオ・ジオン抗争」「第二次ネオ・ジオン抗争（シャアの反乱）」までを続けて戦うことが可能に。つまり宇宙世紀の歴史を約3月間でプレイできるようになります。
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プレイヤーは「グリプス戦役」でいったん3つの勢力（エゥーゴ・ティターンズ・アクシズ）に分かれますが、「第一次ネオ・ジオン抗争」編以降は再び2つの勢力（地球連邦軍とネオ・ジオン軍）に分かれて戦います。
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あわせて追加される機体として、第一弾となる4種類「ZZガンダム」「ディジェSE－R」「キュベレイMk-II」「ザクIII」のビジュアルも公表されました。
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『ガンダムネットワークオペレーション3』USBメモリパッケージの対応OSは、Windows XP、Vista、7で、価格は、7,329円（税込）です。月額利用料金はクレジットカード決済の場合1ヶ月単位1,155円（税込）、コンビニ決済（セブンイレブン）、WebMoney決済、ドコモ ケータイ払いの場合は、3ヶ月単位3,780円（税込）です。
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